일반적으로 해당 화합물이 양성자 친화성이 높은 화합물과 함께 용리되는 경우에 질량분석 크로마토그램(TIC 또는 EIC)에 네거티브 피크가 나타납니다. 만약 SIM 모드에서 데이터를 수집한다면, 해당 화합물과 함께 용리되는 화합물이 무엇인지를 확인하기 위해 100 ~ 400amu의 질량 범위를 두고 스캔 모드에서 분석을 실행합니다. 해당 화합물의 이온이 억제되는 것을 막기 위해서는 반드시 이러한 간섭을 제거해야 합니다. 그레디언트 분석법 및 또는 상이한 이동상 조성(예: MeOH 대신 아세토니트릴)을 이용한 크로마토그래피로 관련 화합물을 분리해낼 수 있습니다.