即使正常使用, 在喷嘴和收集极上均会聚集沉积物，（常常是喷嘴内部的硬沉积物，在收集极上则是来自色谱柱流失的白色硅氧化物或黑色碳灰）。沉积物的类型取决于样品的类型和色谱柱固定相（流失）。
这些沉积物可降低分析灵敏度并引起色谱噪声和基线毛刺。
与花费时间来清洗喷嘴和收集极相比，更换喷嘴和收集极常常是更实用的方法。
通过超声并采用清洗丝来清洗喷嘴可能就足够了，然而，您一定要小心不使喷嘴内部划伤。因为划痕可能使喷嘴报废。
多次清洗之后，喷嘴应当丢弃不用 - 同时要解决喷嘴变脏的问题（使用低流失色谱柱等）。